Contents Menu Expand Light mode Dark mode Auto light/dark, in light mode Auto light/dark, in dark mode Skip to content
brokilon documentation
Logo
brokilon documentation

API Reference

  • brokilon package
    • brokilon.ccd package
      • brokilon.ccd.clades package
        • brokilon.ccd.clades.base module
        • brokilon.ccd.clades.deme module
        • brokilon.ccd.clades.sranges module
        • brokilon.ccd.clades.transmission_ancestry module
        • brokilon.ccd.clades.transmission_block module
      • brokilon.ccd.cli package
        • brokilon.ccd.cli.breath_helper module
        • brokilon.ccd.cli.ccd_map_cli module
        • brokilon.ccd.cli.common_options module
        • brokilon.ccd.cli.geography module
        • brokilon.ccd.cli.transcope module
      • brokilon.ccd.domain package
        • brokilon.ccd.domain.sranges package
          • brokilon.ccd.domain.sranges.sranges module
        • brokilon.ccd.domain.topology package
          • brokilon.ccd.domain.topology.ccd module
          • brokilon.ccd.domain.topology.ccd0_attempt module
        • brokilon.ccd.domain.transmission package
          • brokilon.ccd.domain.transmission.find_infectors module
          • brokilon.ccd.domain.transmission.io module
          • brokilon.ccd.domain.transmission.label_transmission_history module
          • brokilon.ccd.domain.transmission.transmission_ccd module
          • brokilon.ccd.domain.transmission.transmission_ccd0 module
        • brokilon.ccd.domain.phylogeography module
      • brokilon.ccd.types module
    • brokilon.core package
      • brokilon.core.read_nexus module
      • brokilon.core.taxon_map_utils module
      • brokilon.core.tree module
    • brokilon.majority_rule_consensus package
      • brokilon.majority_rule_consensus.cli module
      • brokilon.majority_rule_consensus.majority_consensus module
    • brokilon.metrics package
      • brokilon.metrics.generalized_kendall_colijn module
      • brokilon.metrics.generalized_robinson_foulds module
      • brokilon.metrics.robinson_foulds module
Back to top
View this page

brokilon.ccd.cli package¶

Submodules¶

  • brokilon.ccd.cli.breath_helper module
    • DateExtractionError
    • extract_date_from_label()
    • extracting_data()
    • float_to_date()
    • get_root_age_from_leafs()
    • get_root_age_with_date()
    • translate()
  • brokilon.ccd.cli.ccd_map_cli module
  • brokilon.ccd.cli.common_options module
    • common_options()
    • validate_ccd_type()
  • brokilon.ccd.cli.geography module
  • brokilon.ccd.cli.transcope module

Module contents¶

Next
brokilon.ccd.cli.breath_helper module
Previous
brokilon.ccd.clades.transmission_block module
Copyright © 2025, Lars Berling
Made with Sphinx and @pradyunsg's Furo
On this page
  • brokilon.ccd.cli package
    • Submodules
    • Module contents