brokilon package

Subpackages

• brokilon.ccd package
  • Subpackages
    • brokilon.ccd.clades package
      • Submodules
      • Module contents
    • brokilon.ccd.cli package
      • Submodules
      • Module contents
    • brokilon.ccd.domain package
      • Subpackages
      • Submodules
      • Module contents
  • Submodules
    • brokilon.ccd.types module
      • CladeSplitInfo
  • Module contents
• brokilon.core package
  • Submodules
    • brokilon.core.read_nexus module
      • _cast_to_int()
      • _meta_label_nodes()
      • count_trees_in_nexus()
      • read_nexus_trees()
    • brokilon.core.taxon_map_utils module
      • change_taxon_map()
      • get_mapping_dict()
    • brokilon.core.tree module
      • NewickError
      • Tree
      • TreeError
      • TreeNode
      • _get_features_string()
      • _parse_extra_features()
      • _read_newick_from_string()
      • _read_node_data()
      • _translate_nodes()
      • compile_matchers()
      • extract_edge_set()
      • format_node()
      • read_newick()
      • write_newick()
  • Module contents
• brokilon.majority_rule_consensus package
  • Submodules
    • brokilon.majority_rule_consensus.cli module
    • brokilon.majority_rule_consensus.majority_consensus module
      • phygeo_mrc()
      • regular_mrc()
      • transmission_mrc()
  • Module contents
• brokilon.metrics package
  • Submodules
    • brokilon.metrics.generalized_kendall_colijn module
    • brokilon.metrics.generalized_robinson_foulds module
      • _get_deme_clades()
      • deme_robinson_foulds()
      • deme_robinson_foulds_reference()
    • brokilon.metrics.robinson_foulds module
      • robinson_foulds()
      • robinson_foulds_ccd()
  • Module contents

Module contents