brokilon.ccd package

Subpackages

• brokilon.ccd.clades package
  • Submodules
    • brokilon.ccd.clades.base module
      • BaseClade
    • brokilon.ccd.clades.deme module
      • DemeClade
    • brokilon.ccd.clades.sranges module
      • SRangesClade
      • get_callsite()
    • brokilon.ccd.clades.transmission_ancestry module
      • TransmissionAncestryClade
    • brokilon.ccd.clades.transmission_block module
      • TransmissionBlockClade
  • Module contents
    • BaseClade
      • BaseClade.clade
    • DemeClade
      • DemeClade.deme
    • TransmissionAncestryClade
      • TransmissionAncestryClade.transm_ancest
    • TransmissionBlockClade
      • TransmissionBlockClade.has_block
• brokilon.ccd.cli package
  • Submodules
    • brokilon.ccd.cli.breath_helper module
      • DateExtractionError
      • extract_date_from_label()
      • extracting_data()
      • float_to_date()
      • get_root_age_from_leafs()
      • get_root_age_with_date()
      • translate()
    • brokilon.ccd.cli.ccd_map_cli module
    • brokilon.ccd.cli.common_options module
      • common_options()
      • validate_ccd_type()
    • brokilon.ccd.cli.geography module
    • brokilon.ccd.cli.transcope module
  • Module contents
• brokilon.ccd.domain package
  • Subpackages
    • brokilon.ccd.domain.sranges package
      • Submodules
      • Module contents
    • brokilon.ccd.domain.topology package
      • Submodules
      • Module contents
    • brokilon.ccd.domain.transmission package
      • Submodules
      • Module contents
  • Submodules
    • brokilon.ccd.domain.phylogeography module
      • _find_deme()
      • get_all_trees_represented()
      • get_geo_map()
      • get_geo_map_tree()
      • get_tree_from_dict_of_splits()
      • sample_trees_from_geo_ccd()
  • Module contents

Submodules

• brokilon.ccd.types module
  • CladeSplitInfo
    • CladeSplitInfo._asdict()
    • CladeSplitInfo._field_defaults
    • CladeSplitInfo._fields
    • CladeSplitInfo._make()
    • CladeSplitInfo._replace()
    • CladeSplitInfo.prob
    • CladeSplitInfo.split

Module contents